Kann nicht ganz nachvollziehen, was du meinst.
PHP-Code auf dem Server ist für die Benutzer nicht öffentlich,
für Serverberechtigte schon,
während der Entwicklung nur, wenn man ihn nicht wie schon diskutiert ganz hergibt.
Java EE am Server ist für die benutzer auch nicht einsehbar,
für Serverleute sehr einfach dekompilierbar (was es nicht besser als PHP macht),
und für die Entwickler...gleiches Prinzip: nicht alles jedem geben.
Bei Java kann man Obfuskatoren einsetzen, ja. Aber auch bei PHP.
C/C++ wäre gegen Dekompilierer etc. um einiges besser geschützt
(auch nicht 100%, aber wahrscheinlich besser als Java und PHP zusammen).
Aber das Entwickler-nicht-alles-geben bleibt ja trotzdem unverändert.
...
Wenn die Software auf einem ordentlich abgesicherten Server läuft,
bekommt man die Executables sowieso nicht. Egal, welche Sprache.
Bleiben noch die Programmierer als größtes Risiko.
Und wenn man den Source nur stückchenweise verteilt, ist es,
von der Sprache komplett unabhängig, nicht möglich, alles zu kopieren.
(die Programmierer sollten sich möglicherweise nicht alle kennen)