-Xbootclasspath/a:/www/tomcat5.5.16/pja_2.5/lib/pja.jar
-Dawt.toolkit=com.eteks.awt.PJAToolkit
-Djava.awt.graphicsenv=com.eteks.java2d.PJAGraphicsEnvironment
-Djava2d.font.usePlatformFont=false
-Djava.awt.fonts=/usr/local/j2sdk1.4.2_09/jre/lib/fonts
-Duser.home=/www/tomcat5.5.16/pja_2.5/"
Die Angaben gehören in eclipse in die "Run configurations" unter VM arguments. Damit sagt du java, das standardmäßig eine andere GraphicsEnvironment (PJAGraphicsEnvironment) genutzt wird.
In deinem Programm kannst du dann ganz normal arbeiten, ohne direkt irgendwelche Teile von PJA zu benutzen.
Ich benutze es z.B. damit Batik auf einem Server SVG -> JPEG konvertieren kann.