So wie es aussieht hat sich die Sache erledigt. Scheinbar hatte es garnichts mit ftdisk zu tun. Das der Fehler im Ereignis-Log erschien, war das Resultat vom raus ziehen der externen HDD.
Das Problem machte unser Tobit David. Dessen Service-Layer bereinigt um 22 Uhr alle Archive und das sorgt für sehr starke "Beschäftigung" der Festplatte. Habe das jetzt auf einen späteren Zeitpunkt gelegt.
Sorry für die vielen Fehlinfos, aber ich wusste es ja selbst nicht besser. Trotzdem danke für eure Hilfe!