Es sind die Polygone der äußeren Polygonenreihe, die durch den Cut entstanden sind. Diese müssen lediglich makiert und nach außen extrudiert werden. Zu deinem Bild von Seite 1, wo Polygone nicht auftauchen, würd' ich sagen, dass da mehrere Scheitelpunkte vielleicht nicht verbunden sind und deshalb beim Extrudieren keine neuen Polygone auftauchen.
Bei der Motorhaube und den Vertiefungen ins Auto muss man wissen, dass dort natürlich eine Lücke bleibt, wenn man keinen Innenraum (oder bloß ein Wandende) eingebaut hat. Wenn du deine Autohälfte mal spiegelst (Instanz) müsstest du einen besseren Eindruck davon kriegen können.
Ich bin derzeit selbst unter anderem an dem Tutorial dran. Schade, dass der fehlende Part noch nicht nachgereicht wurde. Aber man lernt ja trotzdem was.
Greetings.
EDIT:
Nochmal zur Lücke: Meinst du diese Rundung, die eckiger sein müsste, wie die Karosserie darunter? War bei mir auch das Problem. Ich hab die Kante an der Stelle nochmal abgekantet (heisst das so in der Deutschen?). Dann passte das jedenfalls schon besser. Guckst du hier.