Habe das Problem gefunden
Es lag daran, dass ich die Datei nicht binär ausgelesen habe
fopen ( "myfile.bin" , "r" );
statt
fopen ( "myfile.bin" , "rb" );
Jetzt sind alle unnötigen Zeichen verschwunden.
Das Einzige, was mir jedoch aufgefallen ist, dass in den Dateien der Zeilenumbruch "\n" aus zwei Zeichen dargestellt wird (0D 0A). Wenn ich die gesammte Datei einlese, so werden die beiden Zeichen auch so übergeben, binär halt. Doch wenn ich jetzt mit der Funktion "strstr()" arbeite um ein String aus der Datei und vorgegebenen Grenzen rauszuschneiden, so erkennt die Funktion strstr() für "\n" nur (0A) und somit bekomme ich ein Zeichen (0D) mehr in den String, was sich später in die Übertragung der Datei ebenfalls auswirkt, dann habe ich z.B.
für Zeichenfolge "123\t123" in der Datei binär stehen (31 32 33 0D 09 31 32 33 0D)
Wie kann man das verhindern?