Die sauberste Lösung ist m.E. das System neu aufzusetzen, um in Verbindung mit einem guten, alten format c:\ auch die Festplatte wirklich nochmal sauber zu haben.
Meines Erachtes gilt dann : neuestes SP = maximale Sicherheitslückenreduzierung.
Wenn dann noch ein guter AV und eine FW (sofern kein Router) installiert ist, dann ist das System auch relativ sicher, es sei denn Du vergisst Brain 1.0 wie ich bereits oben erwähnt habe.
Die Technologien zum Umgehen von AV und FW sind relativ simpel, AVs z.B. laufen durch einfaches Ändern der Entrypoints oder von Strings im Trojan-Server ins Leere. FWs mit bspw. der DLL-Injection. Von daher ist es immer am besten, keine Dateien zu öffnen die man nicht erwartet hat und Skripte auf dem Rechner zu deaktivieren um das Einschleusen von Code zu verhindern.