Ich glaube ihr fixiert euch zu sehr auf die anscheinende Einseitigkeit des Problems.
Wenn du von virtuellen Sekunden sprichst, schätze ich mal, das ganze soll irgendwie in Richtung Browsergame oder ähnliches gehen?
Also was hält dich davon ab, die serverseitige virtuelle Zeit mit PHP zu realisieren und falls der User sie angezeigt haben will synchronisierst du ein Javascript mit der virtuellen Zeit vom Server. Diesen Sync könntest du bei jedem Reload fahren und selbst wenn der User an dieser clientseitigen Zeit irgendwas "dreht" kann dir das egal sein, weil dein "zentraler Zeitgeber" ja auf dem Server läuft.