Also im Grunde ist es ganz einfach:
Wenn du das http(s) Protokoll nutzt, dann überträgst du bei einer Verbindung den Domainnamen (incl. Subdomains) an den Webserver und er sucht sich dann den passenden vhost raus und zeigt seine seite an.
Es macht wenig Sinn einen Nameserver und einen Webserver auf der gleichen Kiste zu betreiben. Und das aus ganz einfachem Grund: Fällt ein Server aus, fällt alles aus.
Wie man Domains aus Confixx heraus bestellen kann, kann ich dir nicht sagen. Registrare (afaik nur die höherwertigen) bieten den Kunden verschiedene Schnittstellen an, damit die Kunden Domains bestellen und verwalten können. Es gibt verschiedenste Schnittstellenarten, z.B. über Mail, POST oder XML.
Diese Schnittstellen sollte man aber nur mit Vorsicht nutzen, in solchen Fällen würde ich einer fremden Software auch nicht wirklich trauen, denn was passiert, wenn es zu irgendeinem Fehler kommt und die Software nun 1.000 Domains bestellt oder die Zugagsdaten zum Robot anderen verrät?