Er meint das sog. MVC-Prinzip, also Model-View-Controller. Dabei wird darauf geachtet, das der Datenquellen-Zugriff (z.B. auf Datenbank, XML, Webservices, Files, etc) von der Geschäftslogik getrennt wird. Die Geschäftslogik bindet die verarbeiteten Daten in sog. Views ein, die (nur) für den Anzeige-Part verantwortlich sind.
Es gibt dutzende Implementierungen für dieses Prinzip, alle sind in Frameworks eingebaut, da das Thema recht komplex ist. Da du schon eine Anwendung hast, die das nicht umsetzt, würde es nun in einer Mammut-Aufgabe enden, das so zu realisieren. Du müsstest alles komplett um- oder besser neu bauen.
Grundsätzlich ist das aber ein gangbarer Weg und viele Software-Architekten bestehen darauf, das Anwendungen (besonders im Web) nach diesem Prinzip realisiert werden. Aus den dir bekannten Gründen. Es wäre ohne weiteres möglich gewesen, eine Umleitung auf eine andere Seite einzubauen, wenn MVC im Einsatz wäre.
Falls dich das interessiert:
http://de.wikipedia.org/wiki/Model_View_Controller
http://www.zietlow.net/zend-framework/mvc-model–view–controller-im-zend-framework/16/