Eclipse kompiliert die Dateien richtig.
Du könntest entweder die Dateien direkt aus aus deinem Eclipse-Projekt starten, auch ohne eclipse. Oder du exportierst diese mit eclipse, z.b. als Jar-File, so lässt es sich dann wesentlich leichter auf andere Rechner transportieren.
Du scheinst irgendeinen Fehler zu machen, aber ich kann im moment nicht sagen welchen. Meine Vermutung wäre halt gewesen, dass du nicht alle Java-Files im Ordner(auch Packages) hast, in dem du kompilieren willst. Du sagst aber das wäre so.
Also kann das es nicht sein.
Ich bin leider nicht bei dir um zu schauen was du machst.
Mein Vorschlag wäre echt, dass du das alles als Jar mit eclipse exportierst, dann dürfte eigentlich kein Fehler mehr auftreten.
MFG
zEriX