Es gibt äußerst viele Wege, wie jemand dein System, vor allem wenn es ein Windows-System ist kontrollieren oder übernehmen kann - auch ohne Adminpasswort. Wenn er sorgfältig ist, sich Zeit nimmt und sich gut auskennt, kann er auch Logdateien, die evtl. geführt werden - je nachdem wie er was mit welchen Mitteln tut manipulieren oder löschen (wobei löschen schlecht ist, dann sieht man ja daß ein Eingriff stattgefunden hat, man würde eher evrdächtige Einträge entfernen) - unter Umständen auch so gut, daß es kaum bis gar nicht mehr nachzuvollziehen ist.
Aber ich bin auch der Meinung, daß du solch ein Arbeitsklima hinter dir lassen solltest. Ich mein es sieht schlecht aus heutzutage mit Jobs - aber ob es so ein Theater wert ist? Außer du kannst ihm echt nachweisen, daß er dein System manipuliert hat - wozu du allerdings einen Spezialisten vor Ort bräuchtest, ein Forum hilft dir da wenig - dann dürfte er sich berechtigte Sorgen um seinen job machen.