Du hast oben folgendes Beschrieben:
Das wäre mal meine Vermutung.
Ich geh mal davon aus, dass MySQL maximal 3 Verbindungen zulässt und deswegen kriegen von den 1000 die du ausprobierst nur einige wirklich eine Verbindung, denn bei den anderen sind schon 3 Verbindungen offen und noch nciht wieder durch Timeout o.Ä. geschlossen.... zeigt mir der MySQL Administrator von Sun bei Serverstatus -> Connection Usage -> Current: 2 und bei Max: 3.
Das wäre mal meine Vermutung.