Ein kleines Ant-Script hilft auch weiter. Das kann in etwa so aussehen:
=== schnipp ===
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project name="MeinProjekt" default="dist">
<property name="jarfile" value="mein.jar"/>
<target name="prepare">
</target>
<target name="clean">
</target>
<target name="compile" depends="clean, prepare">
</target>
<target name="dist" depends="compile">
<echo>erzeuge ${jarfile}</echo>
<jar
basedir="bin"
jarfile="${jarfile}"
compress="false"
manifest="meta-inf\Manifest.mf"
>
</jar>
</target>
</project>
=== schnapp ===
Stell dieses Ant-Skript in dein Eclipse-Projekt ein.
Erzeuge die Datei meta-inf\Manifest.mf mit den von Dir gewünschten Inhalten, in etwa so:
=== schnipp ===
Class-Path: datei1.jar datei2.jar
=== schnapp ===
Jetzt führst Du das Ant-Script aus (rechte Maustaste / ausführen als... / Ant-Script). Die aufgehende Sonne baut Dir dann ein jar-file mit Manifest, das Deine Vorgaben enthält.