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Dein jedes Projekt ist so gesehen ein eigener Classpath. Wenn du in deinem Jar-File im Manifest mit Class-Path Jar-Files angibst erweiterst du nur den Class-Path deines Projektes.
Also kurz gesagt, du gehst immer vom obersten Verzeichnis aus und nicht das in dem du dich befindest.
Glaube den Begriff den ihr Gesucht habt war Working Directory. Das ist das in dem dein Programm ausgeführt wird. Beim ProcessBuilder kann man das Working Dir z.B. auch setzen. Ausgeben lässt sich das ganze mit System.getProperty("user.dir")