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Also entweder du machst ein Konsolenprogramm, oder du erstellst einen Windows-NT-Dienst.
Bei einem Konsolenprogramm, könntest du die Konsole ausblenden, oder du lässt es über Autostart bzw. über eine Batchdatei starten.
Du musst dir das Handle deines fensters holen und es dann mit ShowWindow() auf unsichtbar setzen. Ich weiss aber nicht ob es dann noch in der Taskleiste steht
Hättest du die Suchfunktion des Boards benutzt, wäre dein Problem schon gelöst!