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Also, beim Speichern als EPS wird, glaube ich, PostScript Level 1 von Quark geschrieben (zumindestens steht im Header language level: 1 drin). Dann geht das Trapping verloren. Transparenzen sind in Quark 6 sowieso abgeschaltet, außer man schaltet sie mit einem Plugin wieder ein. Ansonsten dürfte nichts verloren gehen.
Das mit dem X-3-Standard ist so eine Sache, da gibt es unterschiedliche Auffassungen zwischen Impressed und Callas. Am besten ist es, glaube ich, sich die PDF-Anleitung hier http://www.prepress.ch/d/pdf/web/anleitungen.html runterzuladen und ein eigenes Setting zu erstellen.