Ich kann Google Charts sehr empfehlen https://developers.google.com/chart/
Weitere Möglichkeit die mir einfällt http://g.raphaeljs.com/
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Folge dem Video um zu sehen, wie unsere Website als Web-App auf dem Startbildschirm installiert werden kann.
Anmerkung: Diese Funktion ist in einigen Browsern möglicherweise nicht verfügbar.
Wenn du uns den Code zeigst, können wir dir eher helfen.
var canvas = document.getElementById(d); // D ist die übergebene Id des Canvas
graph = canvas.getContext('2d');
graph.beginPath(); // Hier beginne ich mit dem Zeichnen von dem Achsen
graph.moveTo(5,(h-(h-5)));
graph.lineTo(5,(h-5));
graph.lineWidth = 2; // Nur mit 2 sieht das richtig schwarz au.s Ansonsten gleibt das grau.
graph.stroke();
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Hat jetzt zwar nichts mit deinem Graphen zu tun, sondern eher mit dem übergeben der Daten/Array von PHP zu JS.
Warum übergibst du nicht einen JSON-String? Kannst dir dein PHP-Array als JSON umwandeln und dieses dann in JS super verwenden.