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Mhh, kann dir sagen das bei Debian die Datei "default" im Verzeichnis
/etc/apache2/sites-available/
die Einstellung für die Standardeinstellungen der ersten Seite ist, da dies allerdings ein ziemlich kompliziertes Thema ist, würde ich vorschlagen, dich ein bisschen auf die Suche nach Apache2 Dokus zu begeben (ggf. Tutorials suchen ;-) ).
Wenn bereits ein Verzeichnis in /media existiert, welches Du nutzen kannst/willst, dann nimm dieses und setz dann auch den Mountpoint dorthin. Ich weiß auch nicht, ob Deine zweite Partition hda2, hdb2, sda2 oder was auch immer ist, das musst Du selber anpassen.