Hab mir deine Seite im IE6 und im Firefox angesehen:
Prinzipiell wäre mal zu sagen, deine Seite ist aus lauter geschachtelten Tabellen aufgebaut... was eigentlich nicht wirklich der Sinn von Tabellen ist, ein aufbau aus <div> Boxen mit Css formatiert wäre meiner Ansicht nach vorzuziehen.
Dein Div oben verhält sich in beiden Browsern korrekt, es hat jeweils 100% Breite vom Browser.
Deine Tabelle hat allerdings eine fixe Breite eingestellt. Ist das Browserfenster schmäler als die Tabelle wird das ganze zu Seite hin scrollbar, wärend dein <div> nach wie vor 100% vom Fenster hat.
Mein Lösungsvorschlag: Entweder das gesamte Seitendesign flexibel machen, was vorzuziehen wäre, weil nicht jeder kann die etwas über 1024px Seitenbreite anzeigen, auch im Hinblick auf mobile Geräte(PDA, Handy....) . Offensichtlich du auch nicht, wenn es bei dir scrollbar ist.
Oder eben auch das Div fix einstellen, was sicher die einfacherere aber auch weniger optimale Lösung ist.