Zum Verständnis:
eine jar-Datei packt dein Java-Projekt in ein Archiv, ähnlich wie ein zip-Datei (diese Datei kannst du auch die ein Programm wie WinRAR oder WinZIP öffnen). Wenn du eine main-Methode als Einstiegspunkt für deine Anwendung definierst, wird das Programm auch durch Doppelklick wie eine "echte" exe-Datei ausgeführt.
Die exe-Datei ist eigentlich nur eine Verpackung, die das jar-Archiv beinhaltet und bei Programmaufruf öffnet.
Das was du möchtest ist mir nicht ganz klar.
Hast du eine Konsolenanwendung geschrieben (also Ausgaben des Programms werden auf der Konsole gezeigt und Eingaben des Benutzers von der Konsole gelesen) oder hast du eine GUI geschrieben, über die der Benutzer auf die Funktionen zugreift
Ich vermute, du hast ersteres implementiert möchtest aber eher das letztere haben...
...korrigier mich bitte wenn ich falsch liege und schildere bitte was genau du möchtest und bisher hast!
MfG
EDIT: Hab eben deinen Quellcode oben gesehn, hast also doch eine GUI implementiert. Aber wo genau ist dann das Problem?