Gedanken, die mir während des Lesens kamen.
(A) Wenn eine Durchführung ~1sek dauert, Du deutlich vierstellige Listen abarbeitest und den Cron jede Minute neu startest, dann führt das per se schon zu Chaos.
(B) Es hört sich an, als ob dieses Script ständig laufen sollte.
(C) Eine Idee wäre, ein sich selbst aufrufendes rekursives php-Script zu schreiben, das serverseitig angestoßen wird.
(D) Eine weitere Idee wäre eine Queue/Warteschlange in MySQL. Alle Tabellen-IDs eintragen und pro Rekursion eine gewisse Anzahl (zB 5) abarbeiten und dann sich wieder selbst aufrufen mit der query, die nächsten 5 unbearbeiteten auszugeben. Wenn die Liste leer ist, neu auffüllen.
(E) Letztlich soll es scheinbar eine automatisierte Arbeitsabfolge sein - schau Dir doch mal python an, wenn Du es aufm Server einsetzen kannst.. (Webhost oder Server ist die Frage)
mfg chmee