Das Problem von PHP ist nicht der Datenschutz, sondern, das PHP schlicht und einfach nur auf dem Server läuft.
Alles, was PHP kann, ist: Andere Sachen an den Client schicken.
Das kann HTML/CSS sein, ggf. dazu noch Javascript drinnen...etc
Alles, was am Client gemacht werden soll, muss mit diesen Technologien geschehen.
HTML/CSS für das Design einer Website, kleinere Funktionen in der Website selber (während sie angezeigt wird) mit Javascript...Davon kann aber nichts irgendwie aus dem Browser rauskommen.
Wenn du offene Fenster finden willst, muss eine "echte" Programmiersprache her.
C++, Java...
Entweder bietest du ein Programm zum Download an (bzw. schickst über PHP den Link mit), dann kann es der Benutzer auf seinem Rechner starten. Daten über das Internet zum Server zurückschicken ist (solange der Benutzer seine Internetverbindung nicht ausschaltet) überhaupt kein Problem.
Java hat hier den Vorteil, dass es ziemlich plattformunabhängig ist und man nicht für jedes verbreitete Betriebssystem ein eigenes Programm schreiben muss, sondern eben nur eines.
Mit Java gibt es außer dem normalen Programmdownload auch noch eine andere Variante von Programm: Applets.
Das geht wieder etwas Richtung Javascript: Applets sind als Teil einer Website im Browser, un können dort vor allem für komplexere Funktionen eingesetzt werden, bei denen Javascript zu wenig ist.
Generell können Java-Applets genauso wie Javascript nicht aus dem Browser raus, es gibt aber die Möglichkeit den Benutzer um Erlaubnis zu fragen (wenn das Applet "signiert" ist).
Wenn der Benutzer zustimmt, kannst du die Fenster auflisten.
Gruß