Ich fände es einfach zu kompliziert, die Tabellen abzugleichen. Daher würde ich sagen, die Struktur wird weitesgehend verändert. In normalen Updates, werden die Tabellenstrukturen normalerweise ja auch nicht mehr geupdatet. Die sollten eigentlich stehen, sobald man Benutzer mit einbezieht. Ansonsten müssen alle Daten abgefragt, zwischengespeichert und nach dem Einspielen der neuen Tabelle, wieder eingetragen werden.
Ein Vergleich jedes Datensatzes usw. würde glaube ich einfach zu zeit- und programmieraufwendig sein.