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Wenn du die ProcessStartInfo-Klasse zum Starten eines Prozesses verwendest, dann kannst du mit der WindowStyle-Eigenschaft festlegen wie das Hauptfenster gestartet werden soll.
Dann hatte ich das falsch verstanden. Keine Ahnung wie das geht, hat mich noch nie interessiert
Du kannst aber - wenn dir das genügt - in Windows eine Verknüpfung zur Exe-Datei erstellen und bei den Eigenschaften der Verknüpfung einstellen, dass die Anwendung minimiert gestartet werden soll.