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Ja du kannst den Ordner löschen.
Wenn Windows wirklich welche Dateien von diesem Ordner benutzt, dann kommt doch immer der Dialog das der Ordner nicht gelöscht werden kann weil gerade ein paar Dateien von einem Programm benutzt werden.
Am besten machst du vorher ein Systemwiederherstellungspunkt um ganz sicher zu gehen!