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Hast Du MPC-HC schon probiert?
http://mpc-hc.sourceforge.net/
Versuch es doch mal mit VLC. Unter dem Menü "Medien" findest Du auch "Konvertieren/Speichern". H264 und Theora sind in der Liste.
Die portable Version gibt es z.B. hier: http://portableapps.com/apps/music_video/vlc_portable