Hi,
welches war denn der letzte Kernel, mit dem die Uhr richtig ging. Wenn du sagst, dass es auf dem gleichen Rechner mit einem älteren Kernel (vor 2.6.18?) keine solchen Probleme gab, dann wird die Systemuhr wohl nicht das Problem sein.
Ich tippe mal auf den Kernel-Timer, der mit falschen Intervallen rechnet und die CPU da nicht hinterher kommt. So ein ähnliches Problem hatte meine Frau beim Update von Ubuntu 7.04 auf 7.10 auf ihrem AMD64 auch mal, und da lag es eben an dem Realtime-Kernel.
Was sagt uname -a?
Grüße, D.