Das passiert bei Property-Dateien automatisch.
Siehe java.util.Properties
Wenn Du eine beliebige Datei mit csv-ähnlichem Aufbau lesen willst, benutzt Du sinnvollerweise einen java.io.BufferedReader, der liest zeilenweise, dann kannst Du mittels lineString.startWith("REM") z.B. feststellen, ob jetzt ein Kommentar kommt und in Deinem Programm kann nun diese Zeile ignoriert werden.
