Hi!
Der "Schatten" bzw. die Delle entsteht, weil die Punkte, die durch Deinen "Schnitt" entstehen, nicht mehr auf der "Oberfläche des Zylinders", sondern auf der "Gerade" zwischen den Punkten liegen! Du hast also aus Sicht eines Zylinders eine "Delle nach Innen" definiert; siehe Ansicht oben ohne Deformation.
Selektiere die Punkte in der oben Ansicht und positioniere sie so, daß sie wieder "auf dem Zylinder" liegen (evtl. einfach eine Kreisspline zur Orientierung erzeugen).