Wenn du wirklich den Paket- und Weitergabeassistent verwenden willst, dann kannst du das warscheinlich so machen:
Starte den Assistent wie gewöhnlich, wähle das entsprechende VB-Projekt aus und füge mit dem Assistent zusätzlich deine Textdateien hinzu (das hinzufügen der Textdateien ist möglich wenn du beim Schritt "Enthaltene Dateien" angekommen bist, dann auf Hinzufügen klicken. Anschließend auf Weiter klicken, bis du beim Schritt "Installationsorte" angekommen bist.
Dort sollte eine Tabelle gezeigt werden, bei der du in der Spalte "Installationsorte" bei der entsprechenden Textdatei "$(AppPath)\Unterverzeichnis" angibst.
Ich denke, so sollte es funktionieren.
Aber mein Tipp: Verwende irgendeinen anderen (Freeware-) Installationsassistent, der von MS Visual Studio hat ein paar lustige Fehler und ist auch eher für Windows 98 ausgelegt.