Hallo,
geh in die Build Configuration deines Projects und selektiere bei Binary Build und Source Build das Verzeichnis, welches du hinzufügen möchtest.
Wenn du dann noch eine Datei in diesem Verzeichnis ablegst und anschließend das Plugin über den Export Wizard (Overview -> Exporting im PDE Editor) beispielsweise als jar exportierst, so siehst du im jar auch den "neuen" Ordner.
Gruß Tom