Das geht nur über eine serverseitige Lösung, da Du ja Schreibzugriff auf das Dateisystem vom Server brauchst. Du kannst beispielsweise eine PHP-Seite (oder etwas ähnliches) als Puffer dazwischenschalten. Dein Programm ruft dann diese Seite auf, bekommt den Dateiinhalt, bearbeitet ihn und schickt ihn wieder zurück. Das eigentlich bearbeiten mit den veränderten Daten übernimmt das Script ebenfalls.