Ich weiss jetzt zwar nicht genau was du machen willst, aber es gibt auch Exejoiner, die aus zwei exe-Dateien, eine machen. In die zweite exe könnte man dann noch Daten packen, die dann allderdings in einem Extraprogramm erscheinen würden.
Mit Visual C++ konnte man Teilweise (bei mir hat es nur bei den Windowsspielen geklappt) Resourcen (Bilder und Texte) auslesen und verändern.
Neue Funktionen bzw. neuen Code kannst du nicht nachträglich nicht einfügen, es seie denn, du dekompilierst sie vorher mit einem Dekompiler, welche aber meißtens sehr schlecht funktionieren.
kuhlmaehn