Naja, ich denke zwar das es heute nicht mehr viele Rechner gibt, welche nicht mal eine JRE installiert haben, aber in welcher Form soll die Applikation denn verteilt werden (Jar, Zip, EXE)?
Ich arbeite mit install4j, da kannst du ZIP, EXE, DMG und RPM erstellen und auch eine JRE integrieren (ausser beim DMG für den Mac natürlich).
Ist allerdings nicht gratis, es gibt aber eine Demo-Version.