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Hi
So in ein paar Zeilen kann man das schlecht beschreiben. Der Aufbau von midlets ist schon anders.
Ausserdem unterstützt Java ME vieles nicht was Java SE kann. So das du vieles ohne weiteres nicht auf ein Handy portieren kannst.
Der wohl markanteste Unterschied ist, das es keine main-Methode mehr gibt. Du musst für eine Handy-App(im folgenden MIDlet genannt) die Klasse javax.microedition.midlet.MIDlet implementieren bzw. deine Einstiegsklasse muss oben genanntes tun. Diese Klasse ist abstrakt und enthält 3 abstrakte Methoden: startApp(), pauseApp(), destroyApp() die sozusagen die Schnittstellen zur nativen Ebene darstellen. Desweiteren enthält die Klasse noch mehrere nicht-abstrakte Methode, näher nachzulesen hier.
Desweiteren gibt es da noch einige Unterschiede, unter anderem, wie schon genannt, das die Micro-Edition eingeschränkter ist, was aber bei den "kleinen" Handy-Apps selten relevant ist.
Detailliertere Informationen kannst du hier bekommen.