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Also solange du nicht mehrere 100 MB Bilder aus den Archiven lädst wird der Performance Hit nicht zu groß werden... wenn überhaupt. Wie gesagt ich glaube das das Laden aus einem Jar geht sogar schneller von statten, da dadurch im Prinzip nur "ein" "teurer" Aufruf der nativen Betriebsystem FileHandlings erfolgen muss... weiterhin wirst du deine Resourcen doch nur einmal laden und dann wohl Cachen... also who cares?!
Siehe auch hier: http://safari.oreilly.com/JVXSL.asp?xmlid=0-596-00377-3/javapt2-CHP-3-SECT-12
Wird deine Anwendung über das Web geladen (als Applet oder via) Webstart ist der start bzw. das initiale Laden auf jeden Fall schneller, da nur ein Request für das dicke jar statt viele Requests für kleine Dateien...
Konzentier dich lieber mal auf die Anwendung als auf solchen Nebensachen... (unnessesary) Premature optimization is the root of all evil...