Hallo,
da gibts viele Möglichkeiten. Du wirst aber nicht drum herum kommen den Inhalt einzulesen. Einmal gibts RandomAccessFile, da kannst du praktisch in der Datei "umher springen" und bestimmte Teile auslesen bzw schreiben.
Dann gibts Möglichkeiten die Datei zeilenweise einzulesen, da kannst du dann das ändern was du magst. Das musst du dann in eine andere Datei schreiben und diese benennst du dann schließlich wie die Ursprungsdatei.
MFG
zEriX