Hi duawuat,
das mit dem Bestätigen ist nicht so ohne Weiters möglich. Über Runtime.exec bzw. den ProcessBuilder kannst du dir "nur" die Konsolenstreams - sprich stdIn, stdout und stderr - holen und diese Manipulieren. Auf die exe selber hast du aus Java heraus gar keinen Zugriff, zumindest nicht direkt.
Ob und wie du an die exe rankommst, hängt davon ab, ob die exe andere Schnittstellen wie COM oder Nachrichten via SendMessage aus C++ heraus erlaubt.
Gruss, Manuel