Nimmt er für Tabellenzellen 100%? Dann könntest Du rechts (in Deine innere Tabelle die die IFrames beinhaltet) eine Tabellenzelle mit 100% und rowspan="2" einrichten. Da sich in dieser Tabelle kein Veränderlicher Inhalt befindet, dürfte sich Dein Frameset nicht verändern.
Kann es auch sein, daß der Fehler einfach nur gecacht wird? Weil er wie gesagt bei mir einfach nicht auftreten will (weder im Mozilla, noch im Netscape, noch im IE). Bei mir ist die Höhe der rechten unteren Zelle immer gleich, einzig das Menü ist links in der Mitte und wandert (was sich sicher mit tr valign="top" beheben lässt) je nachdem was ausgeklappt ist. Beim IE hatte ich schon oft das Problem, das er alte Fehler trotz leeren des Speichers und aktualisieren der Page falsch angezeigt hat (und ich habe Stunden lang nach dem Fehler gesucht).
Auch auf die Gefahr hin, daß Du das weißt: Du musst unter Extras -> Internetoptionen -> Einstellungen (bei Temporäre Internetdateien) -> Neuere Versionen der Seite suchen: Bei jedem Zugriff auf die Seite auswählen. Dann sollte er jedes mal die neueste Version finden.
Gruss,
Bugs