Hier mein Lösungsvorschlag, welcher allerdings zu einem gewissen Detailverlust in der feinen Struktur füren wird - dafür hast du dann aber auch ein wesentlich saubereres Netz.
Mit dem spline des Typs Section kannst du ein Querschnittspline erstellen. Dies machst du und zwar sehr viele entlang des Tunnels. Wenn ein spline wegen der Löcher in der Wand nicht in sich geschlossen ist, schliesst du es von Hand. Danach attacht du alle splines aneinander (falls du nicht mit version6 von 3dsm machst, musst du sie in der richtigen Reihenfolge attachen - also vom einen Ende des Tunnels hin zum andern)
Jetzt hast du zwei Möglichkeiten:
1. Du sorgst dafür, dass jedes spline die gleiche anzahl Steuerpunkte hat (indem du in jedem Spline von Hand einige entfernst oder hinzufügst). Dann kannst du per Crosssection ohne grossen Aufwand automatisch die Querverbindungen des Splinecage erstellen. Wende den Surfacemodifier auf den Splinecage an, um ihn mit einer Patchoberfläche zu versehen.
2. Du machst die Querverbindungen des Splinecage von Hand. Da warscheinlich nicht alle splines gleichviele Steuerpunkte haben, wirst du manchmal um 3Ecke oder eine Umstrukturierung nicht herum kommen. Am besten schaltest du bei der Arretierung "Endpoint" ein - dann triffst du beim Ziehen der splines direkt auf die Steuerpunkte der bereits vorhandenen Splines.
Am schluss wendest du ebenfalls den Surface Modifier an . . .