Da du die externe Datei erstellt hast, weisst du ja wie sie aufgebaut ist.
Zerlege dein Problem in Einzelschritte, dann wird schnell klar, wie du's machen musst:
Vorhandene Datei zum Lesen öffnen
Temporäre Datei neu anlegen bzw. zum Schreiben öffnen
Schleife - solange, bis kein Datensatz mehr in vorhandener Datei
Datensatz lesen
Soll Datensatz beibehalten werden, dann in temporäre Datei schreiben
Schleife-Ende
beide Dateien schliessen
alte Datei löschen
temporäre Datei umbenennen
fettich
Du schreibst also alle zu löschenden Datensätze einfach nicht in die neue Datei.